内参蛋白主要是一些持家基因，这些持家基因执行大量的基本功能，并持续在多种组织和细胞中高水平表达。常见内参蛋白包括Actin、Tubulin、GAPDH、Histone H3等。但是，研究不同类型的蛋白，对内参的选择是有讲究的，如1）胞浆蛋白的内参与胞核蛋白的内参是不一样的；2）在一定的实验条件下，内参蛋白的表达发生明显的变化时需要选择其他表达不变或者变化很小的蛋白；3）当研究的蛋白的分子量与内参接近时，需要选择分子量与目的蛋白的分子量差距比较大的蛋白等。
我们常使用染色质免疫沉淀（ChIP）来鉴定/发现蛋白质和DNA的相互作用。ChIP实验流程复杂，其中，染色质的片段化在一定程度上决定了ChIP实验的成功与否。
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